З поміж усієї неоціненної монументальної спадщини гетьмана Івана Мазепи цей величний храм на київському Печерську був, вочевидь, головним діамантом. Він втілив, як таку, саму ідею самодостатньої і вільної української держави. Козацької країни, спроможної в мистецтві досягати абсолютних вершин. Виняткова цілісність задуму і горделивий пафос виконання на століття вперед стали справжнім більмом на оці росіян, що на час спромоглися загарбати Київ. Ані імперська, ані радянська окупаційні адміністрації не могли спокійно прийняти самого факту існування витвору українського мистецтва такої надзвичайної якості. Поперемінно вони вдавалися до спроб знищення цього унікального шедевру, доки у темну днину сталінського панування нарешті не досягли свого.

Тарас Шевченко під час першого після звільнення з кріпацтва візиту на батьківщину, 1843 року, кілька разів робив начерки краєвиду Києва з-за Дніпра, центральне місце котрих, поряд із Печерською лаврою, посідав ансамбль давньої Микільської обителі. Художник розташовував могутній соборний храм в самому центрі композиції – брав його за необхідне тло сюжету на історичну тему. Щоправда, на жаль, довершена ця картина майстром зрештою не була.

Мистецтвознавець Віктор Вечерський звертає увагу у своїй статті про собор для «Великої української енциклопедії», що Шевченко вбачав у цій панорамі особливу, сакральну і символічну роль для української нації. У поемі «Варнак», 1848 року, Кобзар згадує її наступними рядками:

Святий Київ наш великий.

Святим дивом сяють

Храми божі, ніби з самим

Богом розмовляють.

Дивлюся я, а сам млію.

Тихо задзвонили

У Києві, мов на небі…

Історія оселення чернців у київському урочищі Аскольдова Могила сягає сивої давнини, й переважно її складають міфи і легенди. Достеменно відомо, що на початку XV століття обитель вже існувала й носила ім’я святого Миколая. Оскільки розташовувалася вона на віддаленні від міста, серед вкритої лісом місцини, в народі її почали йменувати «пустинною». На плато ж над урочищем тоді розташовувалися орні поля Києво-Печерської лаври – так звана Довга Нива. Згодом монахи почали вирощувати тут виноград. І саме на місці тих буйних і в’юнких, згідно спогадів сучасників, виноградників по волі гетьмана наприкінці XVII століття розпочалося зведення нової головної монастирської церкви. Не випадково, мабуть, що у ліпному декорі собору пізніше так часто використовували саме мотив виноградної лози.

Взагалі, Пустинно-Микільський монастир здавна неабияк шанувався запорізьким козацтвом, старшина мала до нього виняткову прихильність й опікувалася добробутом братії. Будучи тут ігуменом майбутній митрополит Київський Варлаам (Ясинський) 1681 року домігся від московського царя Фьодора Алєксєївіча грамоти, що підтверджувала права володіння всіма землями і угіддями, дарованими обителі ще руськими князями й польськими королями.

За його наступника, видатного релігійного й культурного діяча Гетьманщини, Йоасафа (Кроковського) відбулося перенесення ядра комплексу на вершину пагорбу, й будівництво нових, переважно мурованих, храмових споруд. На Аскольдовій Могилі залишився монастирський цвинтар зі старою дерев’яною церквою святого Миколая. За нею на довгі роки закріпився статус кладовищенської. На початку XIX століття її замінила нинішня класицистична ротонда архітектора Андрія Меленського.

Спорудження ж нової великої Миколаївської церкви, закладеної 7 червня 1690 року, стало особистою справою Івана Степановича Мазепи. Це був самий початок його головування над Військом Запорозьким, і з листування зі співправителями Московії видно, на скільки в той час гетьман переймався ходом робіт і вболівав за результат. У листі Івану V і Пєтру I від 21 травня 1693 року він пише:

Подрядился мнѣ москвичинъ, камяного дѣла мастеръ Іосифъ Дмитріевъ выставити въ Кіевѣ двѣ церкви каменныхъ: одну у монастирь братскомъ святыхъ Богоявленій, а другую у монастирѣ пустинномъ святого чудотворца, за якое обоихъ дѣло уже я ему ма[стеру], подлугъ умовы, отдалемъ все деньги, именно, пять тысячъ ру[блевъ], [та]къ же борошно и солонины [отда]лемъ, а дѣло церквей оныхъ еще много не приведено въ свое совершенство.

Згідно цього документу і грамоті, наданої царями у відповідь, будівництво собору велося архітектором з Москви Йосипом Дмитровичем Старцевим. Однак, українські дослідники нерідко піддають сумніву, що авторство проекту дійсно належало вказаному зодчому. По-перше, стиль і дизайн київської будови надто відмінний від робіт, виконаних Старцевим на російських теренах – хіба що форма деяких сандриків над вікнами мала певну схожість.

По-друге, нова Миколаївська церква на Печерську явно репрезентувала ряд соборів державного значення, започаткований за мазепиного вчителя, архієпископа Лазаря (Барановича), у Троїцько-Іллінському монастирі в Чернігові й продовжений гетьманом Самойловичем у Мгарі та Полтаві. В архітектурному контексті йдеться про синтез традиції планування сакральних споруд Княжої доби із актуальними на тоді європейськими віяннями ренесансу і бароко.

Альтернативну гіпотезу щодо імені творця Микільського собору  висували радянський історик мистецтва Ігор Грабар й український мистецтвознавець Григорій Логвин. Вони припускали, що проект початково був замовлений юному каменяреві з Києва Іванові Зарудному, а Старцев був викликаний в Гетьманщину лише аби здійснити нагляд за будівництвом. Про Зарудного, зокрема, відомо, що він походив із заможної козацької родини, закінчив Могилянський колегіум, вивчався художньої практики в Італії, а по поверненню з Апеннін служив із кінця 1680-х років у гетьманській канцелярії Івана Мазепи. Втім, розквіт таланту цього непересічного майстра приходиться на перші десятиліття XVIII століття, коли той працював у Москві і потім Санкт-Петербурзі.

Напевно відомо, що освятили нову соборну церкву Пустинного монастиря у 1696 році. Відтоді її західний фасад прикрашав герб гетьмана-фундатора, розташований, найімовірніше, як це показано на гравюрі Івана Мигури над вхідним порталом на щиті. І хоча після трагічних подій 1709 року ту геральдику зі стіни було збито, Мазепа у храмі забутий не був: протягом багатьох десятиліть під час служби тут йому водночас і виголошували анафему, і…  прославляли ім’я, як засновника святині. До того ж, до початку XX століття у притворі собору містилися металеві дошки з написом про його побудову

утриманням ктиторським наймилостивішим ясновельможного його милості пана Іоанна Стефановича Мазепи.

Стосовно унікальних архітектурних особливостей Великої Миколаївської церкви дослідники зазначають, що тут, чи не вперше в Наддніпрянщині, з’явився ордер – канонізована система розташування тримальних елементів і їхнє художньо-декоративне вирішення. Його наявність проявлялася у встановленні на високому цоколі декоративних напівколон, що візуально підтримували карниз. Також, на відміну від схожих взірців у Мгарі чи Чернігові, у цього храму було відсутнє горизонтальне членування обсягу. Таким чином споруда композиційно більш відповідала українській традиції церковного будівництва.

Не варто упускати й ту обставину, що початково Миколаївський собор мав значно суворішу статуру, ніж то зафіксовано на відомих малюнках і фотографіях XIX й XX століть. Більш-менш чітку уяву про його вигляд за мазепинської доби дає гравюра зі Святим Миколаєм із книги «Пречестныи акафисты всеседмичныи…», створеної майстром Титом з друкарні Києво-Печерської лаври 1706 року. Тут фасади храму завершують гостроверхі трикутні фронтони, а замість суцільно приділу між вежами на вході зображено окремий невеликий ґанок. А ще на гравюрі доволі детально промальовано дерев’яну дзвіницю монастиря, втрачену до середини XVIII століття.

Архітектура Микільського собору наслідувала один з ключових принципів церковного будування, винайдених ще у Візантійській імперії – хрестовокупольну систему. Коли центральна баня тримається на підпружних арках-вітрилах, які, в свою чергу, спираються на чотири опори-стовпи. До них прилягають перекриті циліндричними склепіннями середня нава і поперечна – трансепт. Також собор мав ще два додаткові стовпи, три апсиди, три нави й дві вежі-ризаліти на західному фасаді. В них розташовувалися сходи на хори. Попри повторюване певними описувачами порівняння цього мазепинського храму із католицькою базилікою, достатніх відповідних рис він не мав.

Тричвертні колони великого коринфського ордера, що здіймалися у всю висоту споруди по краях кожного прямокутного виступу, являлися найоригінальнішою декоративною деталлю і водночас важливим організаційним елементом структури фасадів. Вони стояли на доволі високих окремих п’єдесталах і несли масивний, явно виділений антаблемент. Тут, у фризі, вздовж всього карнизу тягнулося намисто поліхромних керамічних розеток із зірками – одна з найхарактерніших прикрас українських барокових будов.

Завершували церкву бані із маківками на доволі масивних восьмигранних підбанниках. Згідно плану полковника Ушакова, 1695 року, спочатку їх було шість, і окрім більшої головної та чотирьох менших, по кутах будівлі, ще одна піднімалася над центральною апсидою. Пізніші зображення її не фіксують. Проте, на відміну від листівок і світлин початку XX століття, що показують собор, увінчаний сріблястими шоломоподібними куполами із золотавими променями, принаймні до 1840-х років зберігалися первісні верхи грушоподібної форми й зеленого кольору – більш притаманні духу козацького бароко.  Бані на вежах-ризалітах були відкритими, натомість дві крайні східні – глухими.

Вздовж усіх фасадів, окрім східного, містилися вікна у два яруси. На вежах це були невеликі круглі отвори й витягнуті вузькі арки. Зі східного і західного боків – по два ряди таких арок, на апсидах – лише один, нижній. Ці напівциркульні вікна розміщалися в профільованих прямокутних рамках й згори доповнювалися вигадливими пелюстками-сандриками, пізніше оздобленими ліпниною.  Під самими карнизами з усіх сторін також містилися віконця-квадрифолії – символічні чотирилисники.

Перших значних змін після своєї появи будівля собору зазнала у 1730-і – 1740-і роки, за головування на київські кафедрі великого шанувальника і покровителя мистецтв, архієпископа, а потім і митрополита Рафаїла (Заборовського). Як і практично всі попередні муровані споруди Києва, велика Микільська церква отримала тоді новий, надзвичайно пишний дизайн. Найімовірніше, ці роботи розпочалися, коли монастир отримав архімандрію і його першим архімандритом став ректор Могилянської академії, у майбутньому  перший архієпископ Московський і Владимирський, Йосиф Волчанський.

Найпомітнішим доповненням цього етапу став одноярусний притвор, вбудований із західного боку храму між вежами-ризалітами. Відтак, вхідну групу склали два аркових віконних отвори обабіч центрального входу. Залізні двері тут прикрашало ажурне різьблення по металу. Понад ними знаходився картуш, що його тримала пара янголів – кожен власної, неповторної вдачі. Також вхід обрамляли дві вільно стоячі колонки на пузатих підставках – подібна деталь більш ніде в українській бароковій спадщині, принагідно, не зустрічається.

Завершував цей новий притвор неймовірної розкоші фронтон. Утворений п’ятьма арками і двома напіварками по краях, він був вкритий рослинною ліпниною, мушлями й медальйончиками чи не надмірно рясно. За настроєм й в нюансах тут простежувався істинний рокайль – вичерпна ознака мистецького переходу від пізнього бароко до буйної агонії рококо. До того ж всю цю пишну красу вінчали окремі скатні завершення із сонцями-рипідами на пірамідальних главках.

Й подібним за ідеями, але відмінним у деталях був ще один доданий за Заборовського фронтон – велетень згори західного фасаду. Він, вочевидь, замінив колишній трикутний портик і, наче у змаганні в неповторності – пілястрами, волютами і главками – творив обрис на стільки химерний, що годі шукати метафор усе це описати.

Також багате на ліпнину оформлення отримали підбанники й розташовані у трансепті північний та південний входи до церкви. Колони по боках арок оплітала виноградна лоза, над ними простір стіни заповнювали квіти, мушлі і рослини. А ще вище були невеличкий карнизик й чудернацький рогатий сандрик. На цьому сандрикові в невимушених позах сиділи барельєфні янголи у тогах, що долонями підтримували, мабуть що, архіпастирські вінці.

Влучно описав усю цю неперевершену красу один з перших дослідників стародавнього українського зодчества, історик мистецтва Григорій Павлуцький:

Усі ці декорації сповнені чарівності через те, що в них багато наївності й сердечної простоти. Художник не дотримувався якихось умовних законів своєї науки: він з любов’ю декорує якийсь маленький бічний вхід або розміщує багато оздоблений фронтон у таких місцях, де йому зовсім не слід бути, і глядача все-таки зачаровує краса, у нього виникає чарівне враження. Такої візерункової свободи й невимушеності дуже багато трапляється й у різних деталях…

Первісно, у наслідування західноєвропейської традиції, інтер’єри Микільського собору не були розписані. Ефектність забезпечувала сама організація внутрішнього простору: два ряди стрімких стовпів-пілонів, що підтримували покаті склепіння стель. Як і фасади ззовні, стіни всередині до другої половини XVIII століття було вкрито вигадливим, хоча, як пишуть свідки, не надто надмірним ліпленням. Та наприкінці  XIX століття їх все ж таки заповнили неорганічними, як для української барокової церкви, орнаментами у манері популярного тоді псевдоросійського малярства.

Головною ж прикрасою храму весь час його існування являвся грандіозний, семиярусний, різьблений з липи і позолочений іконостас. Його висота становила майже п’ятнадцяти із половиною метрів, а ширина – цілих двадцять два. У нижньому ряді по центру знаходилися надтонкої сницарської роботи дерев’яні царські врата. Їм у візерунчастості не поступалася і решта декорацій: під саму баню по колонах, карнизах і пілястрах тяглися гірлянди листя, виноградних грон та квітів.

Завершувався іконостас скульптурними постатями святих. На самій верхівці (що, на жаль, не зафіксована на жодному малюнку чи фотографії) знаходилися дерев’яні фігури янголів. Вони були виведені в образах, так ніби-як, художників із палітрами. У руках один тримав грамоту із написом «1660 року за благословенням Алексія Тура», а другий – з ініціалами, вочевидь, ктитора «С. Б. М. К.», що розшифровують, як Созонт Балика Міщанин Київський.

Наведені вище данні змушують задаватися питаннями:

• Чому в літературі зазвичай стверджується, що іконостас створено 1696 року за кошти Созонта Балики, коли напис свідчив про рік 1660-й?
• Єдиний достеменно відомий Созонт Балика жив на початку XVII століття, був київським бурмістром й знаний тим, що 1613 року пожертвував 230 пудів матеріалу на відливку дзвону для лаврської дзвіниці, за що той потім отримав назву «Балик». Чи не про того Балику мова?
• Чи не могло бути іконостас або певні з нього ікони перенесено до нового Микільського собору із старої церкви святого Миколая на Аскольдовій Могилі?

Окрім головного іконостасу собор мав ще три бічні вівтарі. Іоанно-Предтеченський, в ім’я небесного покровителя Івана Мазепи – на першому ярусі й на честь патронів митрополита Варлаама (Ясинського) і ігумена Йоасафа (Кроковського), а також присвячений святим Антонію і Феодосію Печерським – на другому. Ці іконостаси у приділах на хорах були фарбовані під малахіт.

Щодо ікон в стінах іконостасів – окрім головного в соборі були й менші, у бічних вівтарях – джерела повідомляють, ніби багато з них були вкриті розкішними карбованими ризами. Проте, від оригінального малювання на початок XX століття зберіглося небагато: чи-то частину первісних образів пізніше переписали, чи-то взагалі повністю їх замінили. Втім, є згадки про присутність у соборі копії «Тайної вечері» Леонардо да Вінчі.

Не можна оминути увагою й ще дві яскраві декоративні оздоби інтер’єру . У підніжжя пілонів, ближчих до головного іконостасу, стояли два кіоти – спеціальні шафки для розміщення ікон та інших предметів релігійного культу. Вони явно творилися водночас із пізнішим ліпленням середини XVIII століття, адже також мали сильно виражений характеру рококо.

На початку 1700-х років, за формального ігуменства Стефана Яворського – уславленого українського богослова й інтелектуала, а зрештою президента Синоду Православної російської церкви – Микільський Пустинний монастир значно розрісся. Окрім територій біля Аскольдової могили і на площі Слави до нього доєднали ще й ділянку теперішньої Арсенальної площі, де до того часу лишався стояти відомий із давніх-давен Микільський стовп-дороговказ, на польський манер званий киянами слупом. Та по тому, як замість того слупа була поставлена мурована церква і поряд оселилася чернеча братія, у 1732 році архієпископ (ще не митрополит) Заборовський розділив обитель на дві. Відтак з’явилися і  окремі назви:

• Малий Микола – де замість стовпа стояла Миколаївська «Слупська» церква і
• Великий Микола – із величним мазепиним собором по центру.

Майже все XVIII століття промайнуло, як доба особливого розквіту і слави Микільського монастиря та його соборного храму. Й тому впроваджена 1786 року царицею Єкатєріной II секуляризація – вилучення монастирського майна на користь держави – стало для цієї печерської обителі по-справжньому сильним ударом. Храми і будинки братії почали стрімко занепадати.

Та дійсно підступні наміри щодо визначної української святині назріли в імперської адміністрації  на початку XIX століття, за губернаторства над Києвом облюбованих московитською історіографією полководців: фельдмаршала Міхаіла Кутузова й генерала Михайла Милорадовича. Позаяк точилося протистояння із Наполеоном, в останнього навіть виникла ідея розмістити штаб й обер-офіцерський корпус російської армії у печерах лаври. Микільський монастир, в свою чергу, всі його муровані будівлі й огорожу тоді ж було вирішено «подорвать порохом» і «сломать до основания». Зберігся навіть детальний план із вказівками конкретних місць, куди задля більшої ефективності передбачалося у соборі закласти вибухівку. Складений він був у січні 1812 року, тобто задовго до початку літньої французької компанії. Точні обставини, чому цей лютий задум не був зрештою втілений наразі невідомі, та знаменитому храмові пощастило простояти на своєму місці ще трохи більше сотні років.

Втім, російське армійське командування жаги оволодіти гарною ділянкою на вершинах дніпровських пагорбів не позбулося. І, коли нарешті почалося спорудження Нової Печерської фортеці, 1831 року колишні монастирські території із всією забудовою таки були передані військовому відомству. У келіях розмістили казарми і житло військових робітничих родин, а головний храм обителі стали використовувати у якості гарнізонного, де проводилися богослужіння й релігійні обряди, а також  надавалася духовна опіка військовим і членам їх сімей. Відтоді собор почали називати Військово-Микільським.

За практично сторічний період господарювання у визначній українській пам’ятці російських армійців вона побачила чимало. Прочани переважно приходили сюди прикластися до мощів Іоана Золотоустого. Основні урочистості служби почали проводити не лише на честь святого Миколая, а і навесні, в День Георгія Побєдоносця (Юрія Змієборця) – покровителя воїнів. До двохсотлітнього ювілею храм, у 1896 році, дізнавшись, що на урочистості приїде імператор, в ньому провели квапний ремонт – на триста тисяч рублів. Крім того, що за ці шалені кошти позолотили бані (мабуть, замінивши первісні барокові повністю), також своєрідно поновили і живопис, нанісши автентичним витворам непоправної шкоди.

Проте, найбільш оригінальний задум щодо подальшої долі церкви вигадав комендант Київської фортеці, генерал-лейтенант від артилерії Олексій Аносов. Він запропонував облаштувати у стінах Великого Миколи Військово-Народний музей… із бібліотекою, читальнею та аудиторією для публічних лекцій. Тут мали розміститися портрети і бюсти царів, народних героїв та видатних учених. Також в експозиції могли опинитися моделі різних тогочасних пам’ятників. Та на загал якоїсь цілісної концепції, окрім ура-патріотичної великодержавності, вояки не висунули. Тож, окрім встановлення до 1899 року перед входом до храму кількох старовинних гармат на гранітних постаментах й замовлення певних картини на історичну тематику, далі справа не просунулася.

Ціла низка пам’ятних подій сталося із Микільським собором в буремні роки першої світової війни і подальших визвольних змагань. Так, 31 серпня 1914 року тут справили панахиду по російському пілотові-асу Петру Нестерову. Попрощатися з героєм прийшли десятки тисяч киян, й після віддання усієї належної військової шани його тіло поховали на Аскольдовій могилі.

У січні 1918 року храм сильно постраждав від артилерійського обстрілу, вчиненого більшовицькими військами, очолюваними командиром Червоної гвардії Міхаілом Муравйовим. В собор влучило більше тридцяти снарядів. Пробоїни і ушкодження отримали стіни, колони і бані святині. Це якісно фіксовано на світлинах, зроблених фотографом леґіону Українських Січових Стрільців, що в той час перебував у місті.

В ході боротьби за створення церкви, незалежної від російської, навесні 1919 року саме при Микільському соборі постала перша українська парафія. Невдовзі, 22 травня, тут було відправлено службу українською мовою – вперше у новітній історії. Літургію провів протоієрей Василь Липківський – в скорому майбутньому Митрополит Київський і всієї України. Церковним хором при цьому диригував видатний український композитор, автор всесвітньовідомого «Щедрика», Микола Леонтович. За цю вольність російські ієрархи потім намагалися заборонити Липківському богослужіння й навіть заочно віддали його під церковний суд. Втім, самим мазепинським храмом з того часу громада Української автокефальної православної церкви користувалася аж до 1930 року.

Впродовж 1920-х років фахівці Всеукраїнської академії наук намагалися вживати заходів, аби відремонтувати унікальну культову споруду і надалі утримувати її у належному стані. Наприкінці десятиліття Археологічний комітет академії навіть запропонував додати собор до списку Десяти кращих пам’яток України, що підлягали відновленню, однак, на цю ініціативу радянські можновладці не відгукнулися.

У 1930 році, після ліквідації УАПЦ, Великого Миколу передали російській православній церкві. Втім, невдовзі його у парафіян відібрали остаточно – від 1931 року церква опинилася у користуванні Тринадцятого Управлінню військово-будівельних робіт. Відомство хотіло пристосувати будівлю під фабрично-заводське училище і бібліотеку, але кінець-кінцем тут опинився склад меблевої фабрики.

Фатальним для Микільського собору стало рішення 1934 року про перенесення столиці радянської України з Харкова до Києва. Перший секретар Київського обкому ВКП(б) Павло Постишев розпочав компанію із знесення з лиця землі

• історичного хламу, який своїм існуванням живить коріння українського буржуазного націоналізму»

– тобто тотальної більшості давньоруських і козацьких церков. Негайно за тим варварським посилом мазепинську перлину на Печерську почали кромсати: спочатку зняли бані, понівечили начиння, а потім повільно, аж до 1936 року, по шматках розбирали по цеглині стіни.

На заміну Пустинному «Слупському» і Велико-Микільському монастирям архітектор Йосип Каракіс одразу ж, 1934 року, запропонував звести комплекс житлових будинків із всією необхідною соціальною інфраструктурою, а також облаштувати прогулянкову панорамну алею вздовж кромки пагорба. Задум було реалізовано лише частково. Запланований замість собору Будинок Культури Червонопрапорного заводу (пізніше перейменований на Арсенал) через початок другої світової війни побудований так і не був.

Сьогодні конкретне місце, де стояв Микільський собор, частково лишається незабудованим, а частково опинилося під північним крилом Київського Палацу Дітей та Юнацтва, яке від центральної частини будівлі веде до обсерваторії. Модерністська споруда постала на колишньому монастирському подвір’ї  у 1962 – 1965 роках. Її, в якості Палацу Піонерів і Школярів імені Миколи Островського, спроектували у співавторстві видатні радянські архітектори Авраам Мілецький і Едуард Більський, за що 1667 року одержали Державну премію СРСР у галузі архітектури.

Ідея відродити легендарну святиню стала лунати одразу по відновленню Україною Незалежності, від початку 1990-х років. Окрім світлин і малюнків споруди,  зберіглися креслення її західного фасаду і плану з «Опису Києва…» цивільного губернатора Івана Фундуклея, 1847 року. Також існував макет храму, створений, найімовірніше у 1960-і роки, який зберігався в музеї при Інституті теорії та історії архітектури і будівельної техніки Академії будівництва та архітектури УРСР, пізніше підпорядкованого Міністерству регіонального розвитку та будівництва України. У будь-якому разі, існувала доволі значна база, аби до питання відтворення об’єкту звернутися із достатньо грамотним науковим підходом.

На початку XXI століття стали з’являтися перші проектні пропозиції, стосовно часткового чи повного поновлення споруд колишнього монастирського комплексу. Врешті-решт, президент Віктор Ющенко висловився за відтворення собору і 2 червня 2009 року видав відповідний указ. Цей документ і досі розміщено на офіційному веб-порталі Верховної Ради України:

З метою відродження і збереження пам’яток історії та культури, відтворення втраченої історико-архітектурної пам’ятки – комплексу Свято-Миколаївського військового собору, що має унікальну архітектурну та історико-культурну цінність, постановляю: Кабінету Міністрів України разом із Київською міською державною адміністрацією опрацювати у  двомісячний строк питання щодо відтворення у місті Києві комплексу споруд Свято-Миколаївського військового собору та за результатами опрацювання внести відповідні пропозиції.

Чи виконали президентську вимогу тодішні прем’єр-міністерка України Юлія Тимошенко і київський голова Леонід Черновецький, невідомо.

Втім, ще у березні того ж 2009 року приблизно над фундаментами зруйнованого храму, у закутку дитячого освітнього центру, було встановлено пам’ятний знак у вигляді кам’яної брили із зображенням західного фасаду Великого Миколи і написом:

На цьому місці стояв Свято-Микільський собор, споруджений у 1690 – 1693 роках коштом Гетьмана України Івана Мазепи. Храм було знищено в 1930-х роках комуністичним режимом

Інше зображення славетної святині, цього разу скульптурне, знаходиться зовсім неподалік – на терасі, котра від нового корпусу Палацу Дітей та Юнацтва веде до пішохідного місточка над алеєю Героїв Крут. Відомий ізраїльський митець Франк Майслер присвятив композицію під назвою «Вічний Київ» монументальному спадку Івана Мазепи. Пам’ятник має вигляд кулі із рельєфами київських церков, які було зведено або відновлено коштом добродійного гетьмана, що над ними злітає символічний птах – чи-то голуб, чи-то Фенікс. За бажання, цю скульптуру можна самотужки крутити й повертати у будь-який бік, таким чином ніби-як торкаючись великої історії.

Проект відбудови Микільського собору 2009 року опрацював знаний український архітектор-реставратор Юрій Лосицький. Створена ним цифрова 3D-модель нерідко зустрічається у публікаціях про історію і перспективи відновлення храму. Вона представляє церкву станом на початок XX століття, із усіма доданими пізніше елементами. Зокрема, шоломоподібними банями, прикрашеними золотими променями. Одначе, на відміну від усіх відомих історичних зображень, колір фасадів тут пропонується зробити синім, а білим виділити тільки декоративні деталі.

Показово, та модель Лосицького доволі наочно демонструє весь комплекс проблем, пов’язаних із намірами відновлення собору. Задля реалізації проекту, щонайменше, доведеться розібрати частину будівлі Палацу Дітей та Юнацтва. Після чого храм все одно опиниться затиснутим на тісній ділянці, поміж наявного ансамблю модерністських й постмодерністських споруд.

Науковцям, архітекторам та іншим галузевим спеціалістам належить дослідити можливість відкрити й музеєфікувати оригінальні фундаменти мазепинського храму. Відтворення ж Микільського собору, ймовірно, варто здійснити у іншому, вільному від забудови, місці.