Перший дерев’яний храм постав під горою, ня якій понині височіє єдиний у Сибіру кам’яний кремль, на початку XVII століття. Але  1662 року у Тобольську сталася велика пожежа, й він разом з усім нижнім містом згорів. Так само у вогні гинули й наступні подібні будови, доки 1685 року за ініціативою митрополита Павла (Конюшкевича), уродженця галицького міста Самбір, не було вирішено звести надійну цегляну церкву. За шість років роботи добігли кінця й 20 липня 1691 року новий Богоявленський храм освятили. Для мешканців він став парафіяльним.

Богоявленська церква, Тобольськ, світлина межі ХІХ-ХХ ст.

Попервах це була одноповерхова споруда без дзвіниці. Однак за чотири десятиліття по побудові її вирішили суттєво розширити. 1737 року черговий митрополит Сибіру, випускник Київської духовной академії, Антоній (Стаховський) запросив з України кам’яних справ майстра Корнилія Михайлова Переволоку. Й той зі своїми підмайстрами, зруйнувавши попередні склепіння, звів нові яруси й верхи, а також впритул спорудив ошатну шатрову дзвіницю.

Богоявленська церква, Тобольськ, світлина С.М. Прокудіна-Горського, 1912 р.

Перебудовану українським зодчим церкву називають родоначальницею окремого підстилю – так званої тобольської школи. Вона виникла із поєднання характерних рис українського бароко із наришкінськми стилем й петровського типу храмом-кораблем.

Іконостас Богоявленської церкваи, Тобольськ, світлина межі ХІХ-ХХ ст.

Від канонів козацьких і більш давніх дерев’яних церков дана будівля у Тобольську позичила структуру й об’єми, щоправда, дещо «стиснуті» по ширині. В петровського стилю – силует парусника з реями. Від наришкінського бароко – типову композицію: восьмерик на четверику.

Богоявленська церква, Тобольськ, світлина межі ХІХ-ХХ ст.

Зовнішній декор храму відповідав одночасно й мотивам, які, наприклад, застосовувалися в Троїцькому монастирі Чернігова, й котрі також спостерігаються в соборі Трійці в Тюмені. Тут були й барабани із широкими пілястрами, й лиштва із трилопатевими напівциркульними сандриками, й багатоступінчасті фільонки, й бігунець під карнизом трапезної та апсиди. Найімовірніше всі елементи виконували місцеві майстри, зорієнтовані на українські смаки.

Богоявленська церква в краєвиді Тобольську, світлина кінця ХІХ ст.

Майже всі наступні сакральні споруди Тобольську наслідували риси Богоявленська церкви. Що, втім, її не врятувало. У січні 1930 року храм було закрито більшовиками. Його розграбували і понівечили. 9 травня 1944 року міськрада Тобольську розпорядилася знести старовинну будівлю, пояснюючи це загрозою обвалу її стін. Тож, в 1949 році пам’ятка була остаточно знищена.