Знесений за російсько-радянської адміністрації, це був один з найвеличніших храмів міста козацької доби. Його кінцево довершений у середні XVIII століття вигляд слід вважати вершиною стилю українського бароко. Від заданої за гетьмана Мазепи монументальної форми і до розкішного ліпного опорядження, доданого при митрополиті Рафаїлі (Заборовському), – все тут єдналося в урочистій і довершеній гармонії. Втрата пам’ятки такого рівня значущості видається надзвичайно тяжким ударом для національної культури і спонукає суспільство та повноправну державу подібну ситуацію принагідно виправляти.

Відтак, у 1999 році Кабінет міністрів України, очолюваний тоді Віктором Ющенко, додав Богоявленський собор та дзвіницю Братського  монастиря до переліку видатних пам’яток, які, згідно прийнятій програмі, передбачалося відтворити. Однак, у 2007 році уряд Віктора Януковича визнав ту постанову такою, що втратили чинність. Тобто фактично всі попередні плани скасував.

Сьогодні місце, де мала б бути відроджена святиня, перебуває у віданні Києво-Могилянської академії. З невідомих причин дана освітня установа усі спроби почати широке громадське обговорення щодо відбудови храму блокує. Ймовірно, для теперішнього університету більшою цінністю, ніж повернення до буття одного з головних символів вітчизняної державності, є збереження кількох квадратних метрів корисної нерухомості у центрі столиці. У радянському корпусі, що стоїть над фундаментами собору, зараз знаходяться кафедри біології, хімії, фізико-математичних наук і лабораторної діагностики біологічних систем, а також видавничий дім навчального закладу.

Проте, сама поява академії на київському Подолі докорінно пов’язана із виникненням тут першої, тоді ще дерев’яної, церкви Богоявлення. Її у якості соборної при своєму монастирі і школі звело київське православне братство. За однією з версій, сталося це одразу по заснуванню обителі, у 1615 році. Однак, більш імовірно, що великий храм заклали на пів десятиліття пізніше, коли за ініціативи гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачного до релігійно-громадської організації первісно лише київських міщан доєдналося все Військо Запорозьке.

Тоді ж, 1620 року, видатний козацький провідник домігся від Єрусалимського патріарха Феофана ІІІ відновлення скасованої раніш польською короною Київської православної митрополії. Перед спочином Сагайдачний склав заповіт, за яким відписав майже усі свої статки на розвиток Братського монастиря і школи при ньому. Наприкінці квітня 1622 року він був похований у крипті Богоявленського храму, який, припустимо, тоді ще не завершили будувати.

Відтоді у цій церкві і всіх її наступних інкарнаціях також знаходився подарований Конашевичем коштовний напрестольний хрест. Спонсорована ж гетьманом освітня фундація згодом, за митрополита Петра Могили, була перетворена на колегію. Зрештою вона здобула статус академії Тої, що у формуванні української державної еліти кілька століть поспіль відігравала, мабуть, ключову роль.

Дерев’яна забудова Братського монастиря впродовж XVII століття кілька разів поспіль повністю гинула у вогні. Можливість замінити її на надійніші муровані споруди з’явилася тільки 1690 року, після здобуття гетьманської булави Іваном Мазепою. Меценат науки і мистецтв, він від перших днів свого правління почав величезні суми із власної казни виділяти на спонсорування значних будівельних задумів. Серед них були й проекти нового учбового корпусу та головного храму в училищній, як її тоді звали, обителі на Подолі.

Щодо особи зодчого, який склав креслення мазепинського собору Богоявлення, дослідники досі сперечаються. Мистецтвознавці Григорій Логвин та Ігор Грабар вважали, що його автором став випускник Могилянського колегіуму, українець Іван Зарудний. Втім, відомо, що у рік закладення храму він служив гетьманським гонцем до Малоросійського приказу у Москві, і чи мав час паралельно присвячувати себе архітектурі, невідомо. Натомість з листування Мазепи із царями Іваном та Пєтром напевно випливає, що при завершенні робіт нагляд над ними вів московський будівничий Йосип Старцев.

Хто б не був творцем нової Богоявленської церкви у Києві, жодних сумнівів не викликає її типологічне походження. Подібні аналоги: могутні собори, що синтезували елементи давньоруських хрестовокупольних храмів із  рисами новаторських на тоді барокових костелів – вперше з’явилися на Чернігівщині. Ще у середині XVII століття цього виду будову започаткував у Максаківському монастирі православний магнат Адам Кисіль. Її значно розвиненішими варіаціями стали пізніше собори Йоганна-Баптиста Зауера: Троїцький у Чернігові і Спасо-Преображенський у Мгарі.

У Києві ж одночасно із будівництвом у Братському монастирі почалося спорудження Микільського собору на Печерську. Їх часто називають братами-близнюками чи копіями один одного. І суто, якщо дивитися на ці храми у плані, так воно і є. Обидва мають

• три нави,
• три апсиди,
• виділені трансепти,
• шість опорних стовпів, чотири з яких підтримують центральну баню,
• вежі-ризаліти зі сходами на хори із західного боку.

Однак, в об’ємах, пропорціях і зовнішньому опорядженні ці споруди від початку були доволі відмінні. Навіть на відомій гравюрі Івана Мигури 1706 року «Гетьман Мазепа в оточенні своїх добрих справ», їх нескладно виокремити і впізнати. Микільський собор має явно стрункішу статуру.

Новий Братський храм, в свою чергу, був дещо приземкуватіший. У початковому вигляді, до переробок середини XVIII століття, його можна побачити на гравійованій тезі «Хрещення Христа» Леонтія Тарасевича, 1695 року. Власне, присвяченій урочистому освяченню собору. Тут відображені всі п’ять його барокових верхів. Фронтони над головним фасадом, схожі за обрисами на ті, які зберіглися деінде на Софії Київській. І показове – неодмінний герб ктитора-Мазепи над входом, після 1709 року знятий. Проте, зауважимо, художник низку показних деталей упустив. В оригіналі стіни храму розчленовували пласкі пілястри, що їх на рівні горішніх вікон ділили планки. А під усім дахом споруду опоясував значний антаблемент із розкріпованим карнизом.

Добудовано Богоявленський собор було у 1693 році, за ігуменства у Братському монастирі і ректорату в Могилянській академії видатного українського церковного діяча Йоасафа (Кроковського), майбутнього митрополита Київського. Тоді ж під південну стіну нового храму, як вважають сучасні дослідники, було перенесено поховання гетьмана Сагайдачного. У цій частині споруди облаштували приділ на честь Різдва Іоанна Предтечі.

На той час, традиційно для Гетьманщини, інтер’єри собору розписані не були. Натомість, за європейських віянь, на його вибілених стінах були вивішені написані на полотнах ікони у розкішних рамах. Головною ж окрасою внутрішньої обстановки став триярусний різьблений і позолочений іконостас. Як вказував зроблений згори напис, виготовлено його було у 1697 році. І хоча, на жаль, цей взірець барокового сницарства пізніше загинув у пожежі, з нього були врятовані два образи: ікони Божої Матері та Ісуса Христа, написані на округлих металевих пластинах. Нині вони перебувають у колекції Національного Художнього Музею України.

До наших днів зберіглися також кілька надзвичайно цінних старовинних реліквій Богоявленського храму. По-перше, це знаменита чудотворна ікона Богородиці Братської, для якої під першим правим стовпом у новому соборі був спеціально опоряджений дерев’яний різьблений кіот. А ще: розміщені в іконостасі хрести Сагайдачного і Єрусалимського патріарха Феофана ІІІ, ікона Миколи Чудотворця, напрестольний хрест Петра Могили, срібна водосвятна чаша і потир. Зараз ці предмети перебувають у збірках різних українських музеїв.

У 1718 році Богоявленський собор постраждав від пожежі, що винищила тоді чимало будов Братського монастиря і Ратушного майдану, на якому він почасти розташовувався. На відновлення храму довелося чекати майже півтора десятиліття. У 1732 році Рафаїл (Заборовський), котрий щойно посів тоді архієпископську Київську кафедру, і тогочасний ректор Могилянської академії Амвросій (Дубневич) звернулися по допомогу із відбудовою до гетьмана Данила Апостола. У канцелярії очільника Війська Запорозького на ініціативу відгукнулися і оголосили збір пожертв серед козацької старшини.

Основним результатами реконструкції, участь у якій, ймовірно, брав архітектор Йоган-Ґоттфрід Шедель – будівничий великої лаврської дзвіниці та автор розширення староакадемічного корпусу Могилянки – стало вбрання собору у помітно вигадливіші барокові шати. Аскетичні раніш фасади звідусіль вкрив пишний ліпний декор. Гірлянди квітів і намиста, стрічки з бантами, мушлі, картуші, рослинні завитки і лагідні та бешкетні янголи – все це злилося у химерній симфонії.

Додаткової мальовничості набув і винятковий вінець храму, що його становили вісім фігурних фронтонів. До слова, такої кількості окремих щипців над фасадами не мав жоден інший собор цього типу. Площини ніш у тих фронтонах заповнили живописні композиції:

• Бог-Отець і сцена хрещення Ісуса у Йордані, тобто Богоявлення, з’явилися над порталом на великому західному надверші;
• фронтони з південного боку прикрасили образи Христа, Божої Матері, Іоанна Богослова та апостолів Андрія та Якова;
• з північного – Святий Дух, святий Никодим зі Спасителем, а також апостоли Петро і Павло;
• над апсидами були змальовані сюжет жертвоприношення Авраама і янгол з кадильницею.

Найвиразнішим доповнення до архітектурного обличчя будови за  реконструкції Заборовського став зведений між вежами-ризалітами із західного фасаду тамбур. Він обрисом частково дублював контур горішнього центрального фронтону, і сам складався з трьох частин:

• нижньої, де містилися головні храмові двері – початково мідні позолочені, з рельєфним флористичним декором;
• середньої, де в оточенні ліпних квіткових гірлянд і грон винограду у картушах містилися три великі живописні композиції;
• і горішньої, де у колі було змальоване Всевидяче око.

Завершували цю вибагливу конструкцію п’ять сонечок-рипід.

Додаткові оздоби отримали й бічні, північний та південний, портали. Їх фланкували по парі кам’яних колонок, прикрашених різьбленими виноградними лозами, над якими, у пірамідальних сандриках, розмістилися медальйони із іконами. Композиції довершували рельєфні янголи, що підіймали над входами митри, подібні до корон.

У 1747 році біля центральної апсиди собору, за головним вівтарем, було поховано знаменитого українського мандрівника Василя Григоровича-Барського. Його могила лишалася цілою до початку XX століття. До 1781 року, за ігумена Касіяна (Лехницького), була проведена ще одна реставрація будівлі.

У липні 1811 року храм значно був пошкоджений під час Великої Подільської пожежі. Він обгорів як ззовні, так і всередині. У вогні загинули його дерев’яні вікна і двері, дві бані над бічними апсидами, дахи і грандіозний бароковий іконостас. Лише дивом найцінніші храмові реліквії і деякі ікони братією були врятовані.

Майже десятиліття церква стояла пусткою. І лише у 1819 році, невдовзі після того, як Могилянську академію перетворили (понизивши у статусі) на духовну семінарію, її ректор Мойсей (Антипов-Богданов)  замовив київському міському архітекторові Андрію Меленському розробку проекту відновлення святині. Склавши кошторис, зодчий зробив дві пропозиції. Згідно до першої, храм лишався тільки з трьома банями, але вони зберігали барокові обриси. Згідно другої, куполів пропонувалося п’ять, дещо спрощених форм, проте позолочених. Тож, чернецтвом до реалізації обрано було останній варіант.

Також Меленський 1825 року склав кресленик нового іконостасу. Відповідно до моди класицизму той був одноярусний, оздоблений різномасштабними ордерними колонами. Позолочення мали тільки їхні бази й капітелі – решта тла фарбувалася білим і блакитним. Три вівтарні частини іконостасу завершували різьблені дерев’яні драпіровані завіси. Роботи по дереву виконали сницарі Іван Даценко і Гордій Матющенко. Нові ікони, дванадцять великих і тринадцять малих, написав київський живописець Іван Квятковський.

Раніше аскетичні інтер’єри храму заповнили кольори. Стіни були пофарбовані у помаранчевий, склепіння й арки – у світло-блакитний. На них містилися намальовані під мозаїки квадрати із фестонами й зірками у центрі. Також петербурзький художник Джованні Батіста Скотті, що звався на російський манер Іваном Карловичем, створив розписи, які імітували колони, пілястр і карнизи з сірого каменю.

До середини XIX століття поволі змінювався зовнішній вигляд собору. У 1831 році його бані були пофарбовані у зелений колір і усипані позолоченими зірочками. Двома десятиліттями пізніше куполи позолотою вкрили всі повністю. І саме у такому вже оздобленні головна церква Братського монастиря відома нам нині за наявними її світлинами.

У 1846 році було вирішено розширити соборний іконостас. Київський єпархіальний архітектор Павло Спарро розробив проект, згідно якого його 1851 року надбудували трьома додатковими ярусами у дусі пізнього класицизму. Сорок дев’ять нових ікон для нього написав київський живописець Іполит Кривошляпін.

Також варто згадати про два кіоти, встановлені біля опорних стовпів, під арками. В одному, лівому північному, містилася ікона Святителя Миколая; у другому, правому південному, – знаменита чудотворна Братська Божа Матір. До ікон вели мармурові східці. За чавунними огорожами кіотів здіймалися, розташовані у два ряди, по вісім коринфських колон. На них спиралися розкішні розкріповані карнизи.

У 1864 році Богоявленський собор пережив ще одну пожежу. Яка, втім, значних наслідків не мала. Впродовж наступних десятиліть, до початку I світової війни, у храмі замінили чавунну підлогу на дерев’яну. Аби мати змогу проводити церковні служби у холодну пору року у в ньому були встановлені голландські печі-груби, а пізніше до приміщення провели систему електричної вентиляції. На початку 1870-х років, дванадцятилітнім юнаком, при архієреї тут посохоносцем служив Іван Їжакевич – тож, саме з цих стін, вважайте, почалася майже сторічна кар’єра феноменального українського художника.

Цікаво, та 1891 року знов взялися перероблювати іконостас. За задумом архітектора Володимира Ніколаєва верхні яруси розібрали, а нижній, роботи Меленського, відреставрували та наново позолотили. Через високе художнє виконання до його збереження поставилися з особливою увагою і навіть зробили гідроізоляцію основи, аби запобігти постійному просочуванню ґрунтової вологи. Тоді ж розмістили ще низку ікон написаних олійними фарбами на стовпах і стінах храму, а віконні і двірні ніші, а також арки оздобили орнаментами у візантійському стилі, які намалював киянин Стефан Кіяшко.

Попри встановлення у Києві більшовицького режиму, Богоявленський собор до кінця 1920-х років лишався діючою церквою. Завдяки наполяганням багатьох вітчизняних мистецтвознавців, і особливо Федора Ернста, його навіть встигли визнати пам’яткою культури всеукраїнського значення і взяти на спеціальний облік Народного комісаріату освіти УСРР. Втім, в той самий час цінні культові предмети з храму, як то різні ікони, літургійне начиння, хрести патріарха Теофана, гетьмана Сагайдачного і митрополита Могили – вони були вилучені з храму і відправлені до  музейного містечка на території Києво-Печерської лаври.

Постанову про знесення святині президія київської міської ради прийняла 22 серпня 1934 року, за кілька місяців після перенесення радянських органів управління Україною із Харкова до Києва. Одначе, наступні маже дев’ять місяців локальна культурна еліта намагалася чинити опір цьому варварському рішенню. Пам’ятку на умовах збереження спершу передали у користування одній з київських будівельних контор, а потім навіть спробували закріпити її за Всеукраїнською Академією Наук і облаштувати тут бібліотеку. Та, кінець-кінцем, політбюро ЦК КП(б)У натиснуло на київську міську владу і у квітні – травні 1935 року Богоявленський собор було остаточно знищено.

У 1937 році на місці ліквідованого шедевра української архітектури ударно швидкими темпами був змурований, ймовірно, із залишків цегли розібраного храму, житловий будинок для військових Дніпровської флотилії. Сьогодні у цій чотириповерховій споруді знаходиться II корпус Національного університету Києво-Могилянська академія.